Od januára 2020 je Národný park Donau-Auen partnerom v cezhraničnom projekte „Ekoregión SKAT“. Projekt je spolufinancovaný v rámci Kooperačného programu INTERREG V-A SK-AT a potrvá do konca roku 2022.
K hlavným cieľom patrí hlbšia cezhraničná kooperácia medzi aktérmi v oblasti ochrany prírody ako aj koncepcia a tvorba ponúk v oblasti ekovýchovy pre turizmus pre región rieky Moravy a Dunaja za účasti miestneho obyvateľstva v Rakúsku a na Slovensku.
Pre Národný park Donau-Auen znamená Ekoregión SKAT aj stálu aktivitu mimo národného parku a v cezhraničnom rámci. V spolupráci s Region Marchfeld sú identifikované hodnotné krajinné prvky a prírodné pamiatky.