Die Mannswörther Auen erstrecken sich beidseits der Schwechatmündung etwas östlich der Ortschaft Mannswörth. Die Schwechat entspringt im Bereich des Schöpfls und fließt 62 km ostwärts, bevor sie hier in die Donau einmündet. In ihrem letzten Abschnitt durchströmt sie einen alten Donauarm, das Zieglerwasser. Sie hat also genauso wie die neun Kilometer weiter östlich einmündende Fischa eine verschleppte Mündung. Dabei mündet ein Fluss nicht direkt in den Hauptstrom ein, sondern benutzt einen Seitenarm zur Anbindung. Auf dem Weg aus dem Wienerwald zerreibt die Schwechat große Mengen Gestein und lagert dieses Feinsediment im unmittelbaren Mündungsbereich in großen Landzungen ab. Diese sind zwar bei niedrigen Wasserständen betretbar, jedoch ist der Schwemmsand dermaßen wassergesättigt, dass er ein wahrlich bodenloser Grund ist!

Bei Hochwasser führt das Zusammentreffen der mächtigen Donau mit der recht schmalen Schwechat dazu, dass die Wassermassen aus der Donau in die Schwechat und damit auch in die Zaineth-Au zurückgestaut werden. Der Auwald wird somit entgegen der Fließrichtung unter Wasser gesetzt. Dass höhere Wasserstände keine Seltenheit sind, zeigen die Fischerhütten an der Donau, die allesamt in typischer Art und Weise auf „Piloten“ (Holzpfosten) stehen. Hier hat sich die Daubelfischerei erhalten, bei der mit querstehenden Netzen Flussfische gefangen werden.

Westlich der Schwechatmündung durchzieht der Alberner Leitdamm das Gebiet. Er verläuft westwärts bis in den Bereich des Alberner Hafens. Auf diesem künstlich geschaffenen, extrem trockenen Lebensraum gedeiht heute eine äußerst artenreiche, spezielle Vegetation. Besonders Orchideen wachsen hier zahlreich.

Im Auwald selbst dominieren über weite Strecken Hybridpappelpflanzungen, die für die Forstwirtschaft angelegt wurden. Seit Bestehen des Nationalparks ist die wirtschaftliche Nutzung des Waldes jedoch eingestellt. Kleinräumig werden die umschlagsreifen Pappeln noch entnommen, mit standorttypischen Bäumen werden diese Flächen wieder aufgeforstet, um sie zu einem natürlichen Waldbild zu führen. Entlang der wenigen Wege ranken sich zahlreiche Kletterpflanzen in die Höhe und vermitteln den Eindruck eines undurchdringlichen Dickichts in diesem eher stillen Abschnitt des Nationalpark Donau-Auen. Doch das täuscht: Gerade weil es hier ruhig ist, sind Rehe und Hasen häufig zu beobachten, auch Spuren von Wildschweinen sind nicht zu übersehen.

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