Die ausgedehnten Wiesenflächen rund um Schloss Eckartsau wurden größtenteils für die Jagd angelegt. Mächtige Hirsche ziehen bis heute durch die Wälder und nützen die Wiesen in der Brunft, stattliche Eichen sind zu bewundern. Der donaunahe „Rote Wird“ dagegen geht auf eine Insel zurück, denn „Wird“ oder „Wörth“ ist eine alte Bezeichnung für Inseln, rot bezieht sich auf roden, eine von Bäumen frei gemachte Insel. Die umgebenden früheren Wasserläufe sind im Gelände bis heute zu erkennen. Bei höheren Wasserständen der Donau drückt es hier immer noch das Grundwasser nach oben, der Bewuchs mit Schilf und Seggen verrät den nassen Boden.
In Eckartsau hat der Auwald ein ganz anderes Erscheinungsbild als in den dynamischen Gebieten von Schönau und Orth. Die Altarme sind nicht mit der Donau verbunden, sondern vor allem grundwasserversorgt oder von der Donau zurückgestaut. Daher haben sich Schilfflächen ausgebildet und bieten verschiedensten Wasservögeln Brutmöglichkeiten. In stehenden Gewässern gedeihen Teichrosen, aber auch seltene Arten wie Pfeilkraut, Wasserschierling und Schwanenblume. Hier überlebt ebenso der sehr seltene Hundsfisch, der lange Zeit in Österreich als ausgestorben galt und erst Anfang der 1990er Jahre im Nationalpark-Gebiet zufällig wiederentdeckt wurde. Diese Fischart kommt besonders gut mit wenig Wasser und geringem Sauerstoffangebot zurecht. In der Not schluckt der kleine Fisch atmosphärischen Sauerstoff aus der Luft.
Der Eckartsauer Schlosspark wurde als Sonderfläche im Nationalpark eingegliedert. Eine mächtige doppelreihige Lindenallee durchzieht ihn in Ost-Westrichtung. Der alte Baumbestand im Schlosspark zieht zahlreiche Spechtarten an, die dort ihr Wohnhöhlen zimmern. Verlassene Spechthöhlen werden dann von verschiedenen Vogelarten, wie der Hohltaube, aber auch von Fledermäusen und Bilchen nachgenützt. Auch der seltene Eichenbockkäfer wurde hier im Schlosspark wieder nachgewiesen.
Das Schloss Eckartsau selbst ist heute im Besitz der Österreichischen Bundeforste AG und Sitz der Nationalpark-Forstverwaltung Eckartsau sowie einer Infostelle.
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